Wraz z likwidacją powiatu bocheńskiego zlikwidowano przy Komendzie Miejskiej MO struktury SB, za wyjątkiem jednego pracownika, odpowiedzialnego za sprawy paszportowe.

Sytuacja zmieniła się po powstaniu NSZZ „Solidarność”. W czerwcu 1981 r. jako pierwsi wrócili do Bochni funkcjonariusze wydziału IV, zajmującego się inwigilacją Kościoła. Później, po maju 1983 r. wróciły następne wydziały: II, II i V, zajmujące się inwigilacją cudzoziemców i osób mających kontakty za granicą, zwalczaniem podziemia, śledzeniem środowisk intelektualnych, kulturalnych i młodzieży oraz nadzorem nad kluczowymi zakładami pracy. Pierwszym szefem, liczącej kilkunastu ludzi jednostki, został ppłk Mieczysław Czekaj, mianowany na stanowisko zastępcy szefa Rejonowego Urzędu Spraw Wewnętrznych ds. SB. W lipcu 1987 r. zastąpił go na tym stanowisku kpt. (później mjr) Karol Waśkowicz. W 1984 r. bocheńska SB została wzmocniona o pracownika, odpowiedzialnego za dokonywanie podsłuchów, oraz wykonywanie dokumentacji fotograficznej i dźwiękowej.

Po czerwcu 1989 r., w czasie gdy ministrem spraw wewnętrznych w rządzie T. Mazowieckiego był gen. Czesław Kiszczak, w bocheńskiej SB pozostało 9 ludzi (część odeszła z resortu), z których sześciu w lutym 1990 r. przeniesiono do Tarnowa. Z pozostałej trójki jedna osoba przeszła do pracy w policji, a dwie ostanie zwolniono pod koniec lipca 1990 r.